Мы используем cookie для стабильной работы сервиса. Подробнее

Анализ данных NGS: практика для начинающих

5.0
ФорматОнлайн
Длительность1-2 часа в день 2-3 недели.
Объём6 занятий
УровеньНачальный
По окончанииСертификат Stepik
О курсе

Подробнее

Здравствуйте коллеги! Этот курс сделан биологами для биологов. Мы сделали курс для тех, кто недавно заинтересовался темой анализа данных секвенирования. Для тех, кто хочет подкрепить теорию настоящей лабораторной работой. Наша задача — пройтись по некоторым основным этапам обработки данных секвенирования ДНК, вместе с вами обрабатывая реальные данные. Наша цель — продемонстрировать вам один из вариантов, как это может происходить. Мы хотим показать ГДЕ и КАК можно взять данные и ЧТО с ними в принципе можно сделать полезного, используя доступный любому биологу обычный компьютер, и акцент нашего курса строится именно на вопросе, КАК это сделать. Cтраничка  практикума вконтакте https://vk.com/public208125418
Требования

Что нужно для старта

  • 1) Общие теоретические знания по Секвенированию ДНК;
  • 2) Знания Linux — уровень пользователя;
  • 3) Чтение на английском языке.
Навыки

Чему вы научитесь

  • Лабораторный практикум для начинающих: Это небольшое исследование от сырых данных до сборки генома. Мы покажем ГДЕ и КАК можно взять данные и ЧТО с ними в принципе можно сделать полезного, используя доступный любому биологу обычный компьютер.
Аудитория

Для кого этот курс

  • Биологи и все-все.
Содержание

Программа курса

6 занятий
ТемаЧто внутри
01Введение

- Что это за практика?
- Что нам понадобится? Системные требования.
- Настройка рабочего пространства - что именно?
- Откуда и какие данные возьмем?
- Что со всем этим можно делать?

02Входной контроль качества

- Оценка качества - FastQC
- Пробоподготовка - Trimmomatic
- Проверка контаминации - таксономическая проверка

03Выравнивание прочтений и поиск вариантов

- Выравнивание и визуализация
- Поиск вариантов и визуализация
- Аннотация вариантов

04Сборка генома

- От ридов к контигам
- От контигов к консенсусу

05Заключение

- Pipeline - блок-схема.
- Итоговый тест
- Послесловие

06Филогенетика - поиск родственников

- Выбор последовательности
- Множественное выравнивание
- Построение филогенетического дерева

01Введение

- Что это за практика?
- Что нам понадобится? Системные требования.
- Настройка рабочего пространства - что именно?
- Откуда и какие данные возьмем?
- Что со всем этим можно делать?

02Входной контроль качества

- Оценка качества - FastQC
- Пробоподготовка - Trimmomatic
- Проверка контаминации - таксономическая проверка

03Выравнивание прочтений и поиск вариантов

- Выравнивание и визуализация
- Поиск вариантов и визуализация
- Аннотация вариантов

04Сборка генома

- От ридов к контигам
- От контигов к консенсусу

05Заключение

- Pipeline - блок-схема.
- Итоговый тест
- Послесловие

06Филогенетика - поиск родственников

- Выбор последовательности
- Множественное выравнивание
- Построение филогенетического дерева

Документ после выпуска

Сертификат Stepik

Организатор

Автор курса

StepikStepik
Stepik — образовательная платформа и конструктор онлайн-курсов. Мы разрабатываем алгоритмы адаптивного обучения, сотрудничаем с авторами MOOC, помогаем в проведении олимпиад и программ переподготовки. Наша цель — сделать образование открытым и удобным. Stepik — широко известная российская образовательная платформа, основанная в 2013 году. На Stepik зарегистрировано более миллиона пользователей из России и стран СНГ. В настоящее время на Stepik представлены несколько тысяч учебных курсов на самые разные темы.
Подробнее об авторе
Мнения учеников

Отзывы о курсе

Оставьте отзыв

Расскажите о качестве обучения, поддержке и результате. Это поможет другим выбрать организацию осознанно.

Напишите ваш коментарий, не менее 30 символов

Нажимая кнопку, вы даете согласие на обработку персональных данных

Оставьте заявку

Консультант ответит на вопросы о курсе «Анализ данных NGS: практика для начинающих» и поможет разобраться в деталях обучения.

Комментарий ...

Нажимая кнопку, вы даете согласие на обработку персональных данных

Направления:Анализ данных

Информация обновлена 29 июля 2026 г.

Продолжить выбор

Похожие курсы

Начать без затрат

Бесплатные курсы