Анализ данных NGS: практика для начинающих.

Сложность

Начинающий специалист

Длительность

1-2 часа в день 2-3 недели.

Формат

онлайн

Документ

Сертификат Stepik

Стоимость курса

2 000 ₽

Подробнее о курсе

Здравствуйте коллеги! Этот курс сделан биологами для биологов. Мы сделали курс для тех, кто недавно заинтересовался темой анализа данных секвенирования. Для тех, кто хочет подкрепить теорию настоящей лабораторной работой. Наша задача — пройтись по некоторым основным этапам обработки данных секвенирования ДНК, вместе с вами обрабатывая реальные данные. Наша цель — продемонстрировать вам один из вариантов, как это может происходить. Мы хотим показать ГДЕ и КАК можно взять данные и ЧТО с ними в принципе можно сделать полезного, используя доступный любому биологу обычный компьютер, и акцент нашего курса строится именно на вопросе, КАК это сделать. Cтраничка практикума вконтакте https://vk.com/public208125418

Анализ данных

Документ после выпуска

Сертификат Stepik

Автор курса

Stepik

4.6

Оставьте отзыв

Stepik — образовательная платформа и конструктор онлайн-курсов. Мы разрабатываем алгоритмы адаптивного обучения, сотрудничаем с авторами MOOC, помогаем в проведении олимпиад и программ переподготовки. Наша цель — сделать образование открытым и удобным. Stepik — широко известная российская образовательная платформа, основанная в 2013 году. На Stepik зарегистрировано более миллиона пользователей из России и стран СНГ. В настоящее время на Stepik представлены несколько тысяч учебных курсов на самые разные темы.

Программа курса

Введение

- Что это за практика?
- Что нам понадобится? Системные требования.
- Настройка рабочего пространства - что именно?
- Откуда и какие данные возьмем?
- Что со всем этим можно делать?

Входной контроль качества

- Оценка качества - FastQC
- Пробоподготовка - Trimmomatic
- Проверка контаминации - таксономическая проверка

Выравнивание прочтений и поиск вариантов

- Выравнивание и визуализация
- Поиск вариантов и визуализация
- Аннотация вариантов

Сборка генома

- От ридов к контигам
- От контигов к консенсусу

Заключение

- Pipeline - блок-схема.
- Итоговый тест
- Послесловие

Для кого этот курс

Биологи и все-все.

Предварительные требования

1) Общие теоретические знания по Секвенированию ДНК;

2) Знания Linux — уровень пользователя;

3) Чтение на английском языке.

Лабораторный практикум для начинающих: Это небольшое исследование от сырых данных до сборки генома. Мы покажем ГДЕ и КАК можно взять данные и ЧТО с ними в принципе можно сделать полезного, используя доступный любому биологу обычный компьютер.