Московский физико-технический институт Прикладные аспекты анализа данных высокопроизводительного секвенирования
Всё для обучения
Как устроено обучение
О курсе
Подробнее
Курс познакомит с передовыми способами обработки данных высокопроизводительного секвенирования и постепенно введет слушателя в геномную биоинформатику.Программа курса разработана для формирования у слушателей основных навыков разработки методов для анализа данных и приобретения ими практического опыта, необходимого для проведения самостоятельных научных исследований области вычислительной обработки биологических данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования.
Аудитория
Для кого этот курс
- Молодым исследователям и студентам с математическим бэкграундом мы предлагаем прослушать вводные лекции по молекулярной биологии, а начинающим программистам — основы языка R и командной строки LINUX.
- Более опытные слушатели получат возможность самостоятельно поработать с разными видами данных, освоить инструменты, применяемые при сборке геномов и транскриптомов, проверке качества сборки и многое другое.
Содержание
3 занятияПрограмма курса
№ТемаЧто внутри
01Практическое занятие. Основы удаленной работы с сервером под управлением OC Linux.
* «Bash» язык для общения с системой Linux; * разбор примеров скриптов: логика построения команды, последовательность; * основные команды; * работа с файлами; * пайплайны (конвейеры); * система распределения задач SLURM.
02Практическое занятие. Контроль качества данных секвенирования.
* команды в slurm; * анализ в FastQC; * trimmomatic; * удаление «universal illumina adapters» с помощью cutadapt; * стратегия борьбы с контаминацией чужеродной ДНК.
03Практическое занятие. Сборка чтений.
* сборка коротких чтений при помощи SPAdes: переключение между режимами; * ключевые настройки; * оценка качества полученной сборки; * Busco - оценка полноты сборки, оценка технических метрик; * сборка с помощью Trinity: запуск, постобработка; * аннотация генома с помощью Braker.
01Практическое занятие. Основы удаленной работы с сервером под управлением OC Linux.
* «Bash» язык для общения с системой Linux; * разбор примеров скриптов: логика построения команды, последовательность; * основные команды; * работа с файлами; * пайплайны (конвейеры); * система распределения задач SLURM.
02Практическое занятие. Контроль качества данных секвенирования.
* команды в slurm; * анализ в FastQC; * trimmomatic; * удаление «universal illumina adapters» с помощью cutadapt; * стратегия борьбы с контаминацией чужеродной ДНК.
03Практическое занятие. Сборка чтений.
* сборка коротких чтений при помощи SPAdes: переключение между режимами; * ключевые настройки; * оценка качества полученной сборки; * Busco - оценка полноты сборки, оценка технических метрик; * сборка с помощью Trinity: запуск, постобработка; * аннотация генома с помощью Braker.
Документ после выпуска
Удостоверение о повышении квалификации
Организатор
Автор курса
Мнения учеников
Отзывы о курсе
Оставьте отзыв
Расскажите о качестве обучения, поддержке и результате. Это поможет другим выбрать организацию осознанно.
Оставьте заявку
Консультант ответит на вопросы о курсе «Прикладные аспекты анализа данных высокопроизводительного секвенирования» и поможет разобраться в деталях обучения.
Нажимая кнопку, вы даете согласие на обработку персональных данных
Информация обновлена 28 сентября 2026 г.
Продолжить выбор
Похожие курсы
Начать без затрат
