Stepik Введение в NGS
О курсе
Подробнее
В курсе «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества, и многими другими аспектами применения этих технологий.
Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.
Рекомендуем пройти следующие курсы: 1) «Bведение в Linux»; 2) «Молекулярная биология и генетика»; 3) «Биотехнологии: Генная инженерия».
Требования
Что нужно для старта
- Для лучшего усвоения материала необходимо 1) умение работать в командной строке Unix; 2) знание молекулярной биологии на уровне вводного университетского курса; 3) иметь базовые представления о биохимии и манипуляциях с ДНК (ПЦР, лигация, рестрикция, и т.д.). Вам также понадобится компьютер с установленной системой семейства Unix (предпочтительно Ubuntu).
Аудитория
Для кого этот курс
- Студенты и аспиранты, интересующиеся современной биологией и биоинформатикой.
Содержание
4 занятияПрограмма курса
№ТемаЧто внутри
01Введение в молекулярную биологию и секвенирование
- Введение
- Основные концепции молекулярной биологии
- Геномы эукариот и прокариот
- Компоненты клетки
- Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
- Что такое секвенирование? Секвенирование по Сэнгеру
- NGS: Обзор существующих технологий
02Основные применения секвенирования
- Введение
- Приготовление типичной NGS-библиотеки
- Три типа применения NGS
- Методы de novo: сборка геномов и транскриптомов
- Методы ресеквенирования в применении к геномам и транскриптомам
- Позиционные методы: MNase-seq, DNase-seq, ATAC-seq
- Позиционные методы: ChIP-seq
- Методы определения 3D-структуры ДНК: 3C, 4C, 5C, Hi-C
03Работа с данными NGS: прочтения и контроль качества
- Введение
- Референсные геномы. Форматы FASTA и FASTQ
- Геномные интервалы. Формат BED
- Аннотация геномов. Форматы GTF и GFF
- Контроль качества сырых прочтений: FastQC
04Выравнивание, базовые статистики и визуализация геномных данных
- Введение
- Концепция и алгоритмы выравнивания последовательностей
- BLAST и его варианты
- Форматы SAM, BAM и CRAM. Использование samtools
- Статистика выравнивания. Выравнивание на геном и транскриптом
- Визуализация результатов NGS-эксперимента. Геномные браузеры
- Взаимопревращение форматов данных. Набор утилит UCSC
- Заключение
01Введение в молекулярную биологию и секвенирование
- Введение
- Основные концепции молекулярной биологии
- Геномы эукариот и прокариот
- Компоненты клетки
- Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
- Что такое секвенирование? Секвенирование по Сэнгеру
- NGS: Обзор существующих технологий
02Основные применения секвенирования
- Введение
- Приготовление типичной NGS-библиотеки
- Три типа применения NGS
- Методы de novo: сборка геномов и транскриптомов
- Методы ресеквенирования в применении к геномам и транскриптомам
- Позиционные методы: MNase-seq, DNase-seq, ATAC-seq
- Позиционные методы: ChIP-seq
- Методы определения 3D-структуры ДНК: 3C, 4C, 5C, Hi-C
03Работа с данными NGS: прочтения и контроль качества
- Введение
- Референсные геномы. Форматы FASTA и FASTQ
- Геномные интервалы. Формат BED
- Аннотация геномов. Форматы GTF и GFF
- Контроль качества сырых прочтений: FastQC
04Выравнивание, базовые статистики и визуализация геномных данных
- Введение
- Концепция и алгоритмы выравнивания последовательностей
- BLAST и его варианты
- Форматы SAM, BAM и CRAM. Использование samtools
- Статистика выравнивания. Выравнивание на геном и транскриптом
- Визуализация результатов NGS-эксперимента. Геномные браузеры
- Взаимопревращение форматов данных. Набор утилит UCSC
- Заключение
Документ после выпуска
Институт биоинформатики
Организатор
Автор курса
Мнения учеников
Отзывы о курсе
Оставьте отзыв
Расскажите о качестве обучения, поддержке и результате. Это поможет другим выбрать организацию осознанно.
Оставьте заявку
Консультант ответит на вопросы о курсе «Введение в NGS» и поможет разобраться в деталях обучения.
Нажимая кнопку, вы даете согласие на обработку персональных данных
Информация обновлена 14 сентября 2026 г.
Продолжить выбор
Похожие курсы
Начать без затрат
