Stepik Введение в биоинформатику: метагеномика
О курсе
Подробнее
Метагеномика — раздел геномики, изучающий геном не отдельного
организма, а совокупности обитателей микробных сообществ, живущих в
разных природных условиях. На протяжении 4,5 миллиардов лет
микроорганизмы являются доминирующей формой жизни на Земле. При этом
только около 2% из них может быть выращено в лабораторных условиях, а об
остальных мы не знаем практически ничего. Детальный анализ состава и
функционирования сложных сообществ позволяет ответить на многие вопросы,
связанные со здоровьем человека, охраной окружающей среды, хранением и
переработкой продуктов питания, разработкой альтернативных источников
энергии, и т.д. Такой анализ возможен только в результате
биоинформатической обработки огромных массивов данных, получаемых при
секвенировании суммарной метагеномной ДНК и/или отдельных генов.
В предлагаемом курсе «Введение в биоинформатику: метагеномика» мы
затронем вопросы подготовки метагеномных проб и особенностей их анализа;
математических подходов, лежащих в основе созданных специально для
этого типа данных программных продуктов; вопросы секвенирования и сборки
метагеномов, их аннотации и применения.
С середины курса участникам будет предложен проект, по результатам
работы над которым и будет в основном оцениваться степень освоения ими
материала курса.В рамках этого проекта учащиеся будут самостоятельно
работать с реальными данными, проведут самостоятельный анализ.
Требования
Что нужно для старта
- Курс предназначен для тех, кто готов учиться, готов осваивать новые,
- передовые знания, необходимые уже сегодня всем биологам, медикам,
- экологам и многим другим. Навыки программирования не обязательны, но
- очень приветствуются. Приглашаются слушатели, начиная с уровня
- последнего года бакалавриата и далее. Успешному освоению курса поможет
- выпущенный ранее курс «Введение в Биоинформатику», т.к. он знакомит не
- только с анализом геномных данных, но и прививает базовые знания
- операционной системы LINUX.
Аудитория
Для кого этот курс
- Курс предназначен для тех, кто готов учиться, готов осваивать новые, передовые знания, необходимые уже сегодня всем биологам, медикам, экологам и многим другим.
- Приглашаются слушатели, начиная с уровня последнего года бакалавриата и далее.
Содержание
7 занятийПрограмма курса
№ТемаЧто внутри
01Введение
- Введение
- Приветствие
- Микробы правят миром
- Биоинформатические приложения
- Аналитические подходы
- Метагеномный проект
- Сборка метагеномов
02Экспериментальные данные
- Как получить экспериментальные данные
- Метагеномные подходы
- Подходы к секвенированию
- Аналитические подходы
- Таргетное секвенирование
- Сиквенсные платформы
- Биоинформатические алгоритмы: геном как строка
- Тест 1
03Аналитические подходы: анализ 16S
- Оценка разнообразия проб
- 16S рРНК
- Базы данных 16S
- Aнализ данных с помощью QIIME
- Тест 2
04Аналитические подходы: биннинг
- Что такое биннинг?
- Программа MyCC
- Алгоритмы биннинга
- Контролируемый и Неконтролируемый Биннинг
- Кластеризация
- Тест 3
05Аналитические подходы: Метагеномная сборка
- Сборка данных микробиоты
- Скачивание данных
- Оценка качества данных
- Метагеномная сборка
- Как выглядит сборка
- Отчет QUAST
- Алгоритмы сборки
- Контиги
- Сборка отдельных генов
- Тест 4
06Аннотация и анализ метаболических путей
- Аннотация генов
- Программа MetaGeneMark
- Функция гена
- Алгоритмы аннотации
- Функциональный метагеномный анализ
- Сравнительный анализ
- Тест 5
07Метагеномный проект
- "1000-летний секрет зубного камня"
- Тест-Проект: анализ метагенома
- Заключение
01Введение
- Введение
- Приветствие
- Микробы правят миром
- Биоинформатические приложения
- Аналитические подходы
- Метагеномный проект
- Сборка метагеномов
02Экспериментальные данные
- Как получить экспериментальные данные
- Метагеномные подходы
- Подходы к секвенированию
- Аналитические подходы
- Таргетное секвенирование
- Сиквенсные платформы
- Биоинформатические алгоритмы: геном как строка
- Тест 1
03Аналитические подходы: анализ 16S
- Оценка разнообразия проб
- 16S рРНК
- Базы данных 16S
- Aнализ данных с помощью QIIME
- Тест 2
04Аналитические подходы: биннинг
- Что такое биннинг?
- Программа MyCC
- Алгоритмы биннинга
- Контролируемый и Неконтролируемый Биннинг
- Кластеризация
- Тест 3
05Аналитические подходы: Метагеномная сборка
- Сборка данных микробиоты
- Скачивание данных
- Оценка качества данных
- Метагеномная сборка
- Как выглядит сборка
- Отчет QUAST
- Алгоритмы сборки
- Контиги
- Сборка отдельных генов
- Тест 4
06Аннотация и анализ метаболических путей
- Аннотация генов
- Программа MetaGeneMark
- Функция гена
- Алгоритмы аннотации
- Функциональный метагеномный анализ
- Сравнительный анализ
- Тест 5
07Метагеномный проект
- "1000-летний секрет зубного камня"
- Тест-Проект: анализ метагенома
- Заключение
Организатор
Автор курса
Мнения учеников
Отзывы о курсе
Оставьте отзыв
Расскажите о качестве обучения, поддержке и результате. Это поможет другим выбрать организацию осознанно.
Оставьте заявку
Консультант ответит на вопросы о курсе «Введение в биоинформатику: метагеномика» и поможет разобраться в деталях обучения.
Нажимая кнопку, вы даете согласие на обработку персональных данных
Информация обновлена 7 сентября 2026 г.
Продолжить выбор
Похожие курсы
Начать без затрат
